Vale

Te lo resumiré, rápido:

Teoría:
No es lo correcto desde el punton de vista electrónico, ya que la curva Voltaje-Intensidad del alternador está ajustada para baterías de cierto amperaje.
La única desventaja de sobrecargar las baterías es que el agua del electrolito se evapora.

Practica:
Yo cargo mi Yuasa de 7Ah con el coche.
A parte de esto, una solución práctica es comprar una batería pequeña de 12 voltios no sellada, y si ves que el electrolito se evapora, echarle agua destilada.

Lo ideal:
Hacer un circuito para que cargue la batería a la tensión necesaria.

Literatura:
http://batteryuniversity.com/learn/article/charging_the_lead_acid_battery